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A Secretaria Municipal da Saúde é a Gestora do Sistema Municipal de Saúde, e o órgão responsável pela execução da política de saúde e compete:

• Promover a proteção e recuperação da saúde da população, conforme os campos de atenção à saúde, levadas a efeito pelo Sistema Único de Saúde para o atendimento das demandas pessoais e das exigências ambientais, realizando através de seus órgãos: pesquisas, planejamento, orientação, coordenação e execução de medidas que visem saúde integral com qualidade de vida, bem como incentivando estudos e programas sobre fatores epidemiológicos, dentro dos princípios, diretrizes e bases do Sistema Único de Saúde – SUS, compreendendo atividades individuais e coletivas desenvolvidas pelo SUS, através de equipamentos próprios e conveniados, tais como, controle de endemias e ações e serviços de vigilância epidemiológica;
• Realizar o controle e inspeção nas ações e serviços de vigilância sanitária; Ações de saúde ambiental e saneamento básico; Ações de assistência integral à saúde;
• Executar os programas integrantes da Política Municipal de Saúde e Saneamento, nos termos dos artigos nº 79 a 83 da Lei Orgânica Municipal, assim como, do Plano Integrado de Desenvolvimento do Município, e da Lei Orçamentária em vigor;
• Realizar, em parceria com a Secretaria de Finanças, estudos básicos nas áreas de Saúde Pública, medicina alternativa, fito terapia com base na biodiversidade amazônica, entre outros, visando fundamentar a proposição e o desenvolvimento de atividades promotoras de melhoria dos indicadores de Saúde e de Qualidade de Vida da população;
• Coordenar, com apoio instrumental do Conselho Municipal de Saúde, a execução da Política Municipal de Saúde e Saneamento, no contexto do plano integrado e dos instrumentos programáticos e orçamentários aprovados em Lei; Exercer, privativamente, a direção do Sistema Único de Saúde do Município, tendo por diretrizes básicas a descentralização operativa, a participação comunitária e o atendimento integral;
• Dedicar prioridade crescente para as atividades educativas e preventivas, sem prejuízo dos serviços assistenciais;
• Assessorar o Prefeito nos assuntos de sua competência e que nesta condição lhe forem cometidos e fornecer dados e informações a fim de subsidiar o processo;
• Prestação de serviços médicos e ambulatoriais de urgência e de emergência, bem como, realizar a promoção de campanhas de esclarecimento, objetivando a preservação da saúde da população;
• A participação na formulação da política de proteção do meio ambiente; da articulação com outros órgãos municipais, demais níveis de governo e entidades da iniciativa privada para o desenvolvimento de programas conjuntos;
• Prover o Conselho de Saúde, e os Fundos Municipais de Saúde;
• Assegurar, através de suas unidades orgânicas subordinadas, tramitações rápidas de informação entre as diversas unidades componentes da estrutura organizacional da Prefeitura de Carlinda/MT, utilizar adequadamente os recursos humanos e materiais disponíveis e processar as demais atividades dentro da respectiva política de ação;
• Fixar a política da Secretaria, expressando-a em planos de curto, médio ou longo prazo e por meio de programas e projetos específicos a serem cumpridos pelas unidades orgânicas subordinadas;
• Supervisionar o desenvolvimento dos programas e avaliar a execução dos mesmos; Informar ao Executivo Municipal acerca do andamento dos planos de execução, perspectivas de desenvolvimento e outros assuntos relacionados com os resultados de sua gestão;
• Estabelecer em conjunto com os órgãos estaduais e federais e com os segmentos ativos do tecido social, ouvido o Executivo Municipal, programas, convênios, acordos e parcerias assemelhadas necessários e/ou oportunos para a execução de projetos inerentes à sua Secretaria. Prover as ações do Conselho Municipal de Saúde e Fundo Municipal de Saúde; Outras atividades correlatas e pertinentes a Secretaria de Saúde.